Der Grund hierfür liegt in der Sicherheit für den Schiffsverkehr. Bei regulärem Hochwasser befindet sich zwar sehr viel Wasser im Fluss, aber die eingeplanten Überschwemmungsgebiete fangen das zusätzliche Wasser auf. Für die Schifffahrt entsteht dabei zwar eine größere Strömung und manchmal sogar Strömungsänderungen, aber die Schifffahrt ist nach wie vor möglich. Die Fahrtrinne für die Schiffe wird mit grünen und roten Bojen markiert, damit ist eine sichere Schifffahrt auch bei Hochwasser möglich.
Bei Hochwasser stellen bei Bedarf einzelne Fähren oder einzelne Schiffe den Schifffahrtsbetrieb ein, weil z. B. der Zugang zu den Schiffen für die Gäste nicht mehr möglich ist. In diesem Fall stellen bestimmte Passagierlinien den Betrieb ein, dies erfolgt dann eigentlich eher aus wirtschaftlichen Gründen. Wenn kein Passagier mehr das Schiff oder die Fähre trockenen Fusses erreichen kann, dann braucht man auch nicht mehr fahren.
Bei Erreichen der berühmten Hochwassermarke III auf dem Rhein wird die Schifffahrt aus Sicherheitsgründen eingestellt. Die Ursache hierfür ist Treibgut! Das Hochwasser ist nicht mehr kontrollierbar und befindet sich nun auch auf Flächen die üblicherweise nicht unter Hochwasser stehen. Dabei besteht die Gefahr, dass Gegenstände von der Strömung erfasst werden und vom Wasser mitgerissen werden. Diese Gegenstände stellen eine ernstzunehmende Gefahr für die Schiffe dar und es besteht die Möglichkeit, dass die Schiffe Leck schlagen können.
Aus diesem Grunde werden die Schiffe, die sich z. B. auf dem Rhein befinden in einen sichereren Hafen oder Liegeplatz beordert. Zwar können dann immer noch Gegenstände gegen das Schiff schlagen, aber da das Schiff selber nicht fährt, ist der Schaden deutlich geringer als wenn auch noch die Geschwindigkeit des Schiffs hinzu kommt. Die Häfen und Liegeplätze sind zudem häufig geschützt, so dass den Schiffen nichts passieren kann.
Während das Hochwasser über sonst trockene Inseln oder Ufer strömt, werden Baumstämme, Müll und viele andere Dinge mitgerissen. Dabei können auch Autos und Container von der Strömung mitgerissen werden und in die Fahrtrinne gelangen.
Ein anderes Problem ist die Durchfahrt unter Brücken. Bei extremen Hochwasser steigt das Wasser an, so dass die über den Rhein gebauten Brücken für die Schiffe zu niedrig werden. Die Aufbauten der Schiffe würden an den Brücken hängen bleiben können. Damit können die Schiffe mit größeren Aufbauten nur noch in Bereichen zwischen zwei Brücken fahren (zumindest so lange, bis die Schifffahrt eingestellt wird).
Aus diesem Grunde fahren bei Hochwasser keine Schiffe.
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